Historia y avance
El Prólogo: El despertar del Mal
Link y Zelda exploran los cimientos del Castillo de Hyrule para investigar una sustancia tóxica llamada Aura Maligna. En lo más profundo, encuentran el cadáver momificado de Ganondorf, sellado por una mano misteriosa.
El sello se rompe, Ganondorf despierta y lanza un ataque que destruye el brazo derecho de Link y rompe la Espada Maestra. El castillo se eleva hacia el cielo y Zelda cae al abismo, desapareciendo en un haz de luz. Link es rescatado por la misma mano que sellaba a la momia.
El Pasado: La Fundación de Hyrule
Zelda no muere, sino que viaja miles de años al pasado, a la época de la fundación de Hyrule. Allí conoce a:
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Rauru: El primer Rey de Hyrule (un Zonnan).
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Sonia: La primera Reina (una Hyliana).
Zelda descubre que Rauru y otros líderes poseen las Piedras Secretas, artefactos que amplifican los poderes mágicos. Sin embargo, Ganondorf asesina a la Reina Sonia, roba su Piedra Secreta y se transforma en el Rey Demonio.
Tras una guerra devastadora (la Guerra del Encarcelamiento), Rauru comprende que no pueden derrotar a Ganondorf. Decide sacrificarse usando su brazo para sellar el corazón del Rey Demonio, confiando en que, en el futuro, Link será quien termine el trabajo.
El Sacrificio de Zelda: El Dragón Blanco
Atrapada en el pasado y con la Espada Maestra rota (que viajó a través del tiempo hasta ella), Zelda toma una decisión desgarradora. Para restaurar la espada, necesita imbuirla de energía sagrada durante milenios.
Realiza el ritual prohibido de la Draconificación: se traga su Piedra Secreta, perdiendo su humanidad y su memoria para convertirse en el Dragón Blanco. Así, vuela sobre las nubes durante siglos, protegiendo la espada mientras esta recupera su poder.
El Presente: La Búsqueda de Link
Link despierta en la Gran Isla de los Albores con un brazo nuevo (el de Rauru). Guiado por el espíritu de Rauru, debe recorrer Hyrule para:
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Reunir a los Sabios: Los descendientes de los antiguos líderes (Tulin, Yunobo, Sidon y Riju) despiertan sus poderes a través de las Piedras Secretas.
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Encontrar a la Quinta Sabia: Minerú, la hermana de Rauru, cuya alma reside en el Pura Pad y luego en un cuerpo robótico.
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Recuperar la Espada Maestra: Link finalmente alcanza al Dragón Blanco y extrae la espada, ahora más poderosa que nunca.
El Clímax y el Final
Link desciende al Abismo bajo el Castillo de Hyrule para enfrentarse a Ganondorf. Tras una batalla feroz, Ganondorf, desesperado, consume su propia Piedra Secreta y se transforma en el Dragón Negro.
En una batalla aérea cinematográfica, Link, montado sobre el Dragón Blanco (Zelda), destruye al Rey Demonio de una vez por todas. Con la ayuda de los espíritus de Rauru y Sonia, Link utiliza el poder de su brazo para devolverle a Zelda su forma humana.
La historia termina con los Sabios jurando lealtad a la Princesa Zelda en un Hyrule que finalmente está en paz, mirando hacia un futuro brillante.